Гражданские беженцы начали в большом количестве скапливаться к востоку от Нарвы уже где-то 5–6 ноября.[18] Сначала в Эстонию пропустили лишь малую часть беженцев. 5 ноября командир эстонской 1-й дивизии доложил главному командованию, что планирует собрать русских беженцев на территории Йыхвиского прихода, а беженцев-эстонцев разместить на мызе Вайвара и в Нарве.[19]
В период до 12 ноября в Йыхви было собрано около 800 русских беженцев, а также за это время в Эстонию пропустили примерно 300 эстонцев.[20]
10 ноября генерал-майор Тыниссон разрешил перевезти продовольствие с располагавшихся на эстонской территории складов Северо-Западной армии через границу Эстонии – беженцам, находившимся к востоку от Нарвы.[21] При раздаче продуктов питания все же возникли недоразумения с эстонскими таможенниками, которые не позволяли в Нарве забирать продукты из принадлежавших Северо-Западной армии вагонов, требуя, в соответствии с полученными ими инструкциями, уплаты таможенного сбора.[22] 22 ноября эстонский министр финансов все же разрешил брать из вагонов продукты без уплаты пошлины.[23]
Понимая, что Белое движение в России терпит поражение, и желая заключения мира с Москвой,[24] члены комиссии по вопросам государственной обороны и комиссии по иностранным делам Учредительного собрания Эстонской Республики на совместном заседании 10 ноября приняли решение разоружить отступающие на территорию Эстонии части Северо-Западной армии. Участники заседания пришли
также к мнению, что Северо-Западную армию и Северо-Западное правительство желательно вообще ликвидировать. В переданных 11 ноября Лайдонеру инструкциях правительства республики отмечалось, что при осуществлении разоружения «следует действовать во всех смыслах корректно и гуманно».[25]
В воспоминаниях генерал-майора Яана Соотса – начальника штаба главнокомандующего – говорится, что Лайдонер, также присутствовавший на заседании 10 ноября, выразил мнение, что при отступлении Северо-Западной армии через границы Эстонии ее части могут начать грабить в деревнях. Это, как и отступление Северо-Западной армии в Эстонию в целом, может вызвать недовольство среди многих эстонских военных, которые и так были настроены против всякого сотрудничества с белыми.[26] Поэтому Лайдонер считал, что отступающие через Нарву части следует разоружить. С другой стороны, он указал, что разоружение может привести к кровопролитным столкновениям, а также к ухудшению отношений с западными союзниками.[27]
Следует отметить, что Москва до этого известила правительство Эстонии о своем решении от 6 ноября: Красная армия будет преследовать Северо-Западную армию на территории Эстонии, если белым позволят отступить за границу Эстонской Республики.[28] После этого у эстонских политиков было, очевидно, три варианта действий. Во-первых, пропустить Северо-Западную армию с оружием на территорию Эстонии и позволить белым подготовиться к новому военному походу. Это означало бы для Эстонии продолжение войны с Советской Россией в ситуации, когда государство испытывало серьезные экономические трудности, а в армии и обществе были широко распространены антивоенные настроения. Кроме того, Великобритания в октябре прекратила снабжение Эстонской армии. Вторым возможным вариантом было вообще не пропускать Северо-Западную армию в Эстонию. Третьим же вариантом стало принятое 10 ноября решение – средний путь между двумя крайностями. Конечно, руководство Эстонии понимало, что Северо-Западная армия является препятствием для заключения мира с Москвой. Поскольку с точки зрения правительства Эстонии, в ноябре 1919 года миру с большевиками не имелось какой-либо разумной и отвечающей интересам Эстонии альтернативы, было решено устранить Северо-Западную армию как препятствие к этому.
15 ноября Юденич сообщил Лайдонеру о неудачах на фронте и вновь просил разрешения переправить тылы Северо-Западной армии на другой берег Нарвы, обосновывая это крайней необходимостью. Он также выразил желание отвести всю армию на территорию Эстонии для реорганизации, предлагая к тому же передать соединение под главное командование Эстонской Республики.[29] Однако Лайдонер не имел права принимать решение о принятии на себя командования Северо-Западной армией и о выделении ей тылового района. Эстонское правительство же оставило в силе прежние решения: Северо-Западную армию следовало при переходе Нарвы разоружить.[30]
15 ноября правительство, наконец, разрешило скопившимся на восточном берегу Нарвы обозам Северо-Западной армии и беженцам переправиться в Эстонию.[31] В соответствии с разрешением, которое командир эстонской 1-й дивизии дал 16 ноября, обозы и резервные части Северо-Западной армии могли перебраться на левый берег реки Нарвы по мостам у Криуши и Скарятиной Горы. Мост у Скарятиной Горы предназначался для обозов 1-й и 6-й пехотных дивизий.[32]
В тот же день, 16 ноября, Лайдонер сообщил Северо-Западной армии, что, несмотря на решение правительства Эстонии, фронтовым частям Северо-Западной армии, отступившим под давлением противника на западный берег Нарвы, оставят оружие, если они согласятся продолжать там сражения.[33]